Die im Autosampler anfallende Abfallflüssigkeit fließt durch den Silikonschlauch an der linken Seite des Geräts ab. Ist dieser Schlauch verstopft, läuft die Abfallflüssigkeit durch einen Sicherheitsüberlauf an der Unterseite des Autosamplers aus dem Gerät. Dies verhindert, dass sich im Gerät Flüssigkeit ansammelt und ggf. beschädigt.
Um einen ordnungsgemäßen Abfluss der Abfallflüssigkeit zu gewährleisten, sollte die Abfallflasche immer unter dem Autosampler platziert werden, da der Abfluss ausschließlich passiv über die Schwerkraft erfolgt. Auch ein geringer Gegendruck im Abfallschlauch kann zu Rückfluss führen. Grund dafür kann ein Knick im Schlauch sein oder das Verbinden mit einem zweiten Schlauch, der einen kleineren Innendurchmesser besitzt.
